Trong thời gian cách ly xã hội (1-15/4), mỗi ngày ngành đường sắt chỉ vận hành đôi tàu khách SE3/4 chạy tuyến Hà Nội – TP HCM và ngược lại.
Tàu SE3 khởi hành tại ga Hà Nội lúc 19h25, đến ga Sài Gòn lúc 4h38 sau hơn 30 tiếng. Chiều ngược lại, tàu SE4 xuất phát ga Sài Gòn lúc 20h30, đến ga Hà Nội lúc 5h53. Tổ lái gồm lái chính và phụ, đều đeo khẩu trang phòng dịch.Tàu SE3 có 23 nhân viên gồm cả tổ lái, đội phục vụ, đi liên tục 10 ngày sau đó sẽ về cách ly tại nhà 14 ngày.Trước khi qua cổng soát vé lên tàu, tất cả hành khách phải kiểm tra thân nhiệt để đảm bảo an toàn phòng chống Covid-19.Hành khách chuẩn bị lên tàu SE3. Để phòng chống Covid-19, trong giai đoạn cách ly xã hội, ngành đường sắt dừng toàn bộ tàu khách địa phương, chỉ khai thác một đôi tàu khách Bắc Nam. Số lượng hành khách càng ngày càng ít, hôm 6/4 chỉ có 265 khách. Hành khách được bố trí ngồi cách xa để phòng dịch. Nhiều hành khách cẩn thận đeo găng tay, tất cả phải tuân thủ quy định khai báo y tế, đảm bảo đứng cách nhau 2 m trong quá trình làm thủ tục.Mỗi chuyến tàu có khoảng 15 toa. Lãnh đạo doanh nghiệp cho biết việc duy trì hoạt động đôi tàu SE3/4 không còn mang mục tiêu lợi nhuận mà chủ yếu phục vụ những người dân đang thật sự cần thiết phải di chuyển. So với di chuyển bằng các phương tiện khác, khách đi tàu có thể mang nhiều đồ. Tàu cũng dừng ở tất cả ga chính.Kết thúc hành trình, tàu sẽ được phun khử trùng vào 9h sáng hôm sau trước khi được khai thác trở lại vào 19h25 hàng ngày.